Metrum Research GroupによるSTANの入門コース
Metrum Research Groupから昨日、STANの入門コースの教材がアップロードされました*1。Metrumは、STANをPharmacometricsに適用するため積極的に開発に携わっています。今回公開されたものは、昨年度のPAGE/ACoP meetingで開催された Getting Started with Bayesian PKPD Modeling Using Stan: Practical use of Stan & R for PKPD applications というワークショップが元になっており、基礎的なSTANの使用法に重点が置かれています。 コードや解説PDFに加え、実際にコードを動かすチュートリアルもYouTubeにアップロードされています。英語に抵抗の無い方はこのブログより百倍ためになると思うので、ご覧になることをおすすめします。
以下に簡単にコース内容をまとめてみました。番号はアップロードされている動画の番号に(おおよそ)対応しています。特に既にStanに触ったことのある方は、興味がある場所から見てみて下さい。
- ベイズ統計・統計モデリングの基本
- Stanの紹介・インストール・linear regressionを用いた簡単なデモ
- 単純なPK-PDモデル(Emaxモデル)を用いた非線形回帰*2と階層モデル（試験間差）への拡張
- 個人間差を考慮したPK-PDモデル(Emaxモデル)
- User-defined functionとそれを用いたPopulation PK解析
- 5.の続きとCensored dataに対する尤度計算法(解説のみ)
Population PK解析で用いているコンパートメントモデルには、このチュートリアルでも解析解を用いており、数値的にODE(常微分方程式)は解いていません。とはいえ、僕の書いた様な簡易型のものではなく、しっかりとNONMEM形式のデータに対応することを意識して書かれています。ODEの数値解法*3についてカバーされていなかったのは残念ですが、今年のPAGE/ACoPでMetrumが開催するワークショップでカバーするようなので楽しみです。
*1:この分野にいる人はご存知だと思いますが、Metrumはこれに限らず幅広いトピックに関する教材をCreative Commonsライセンスの元で公開しています。
*2:いきなりODEを解く必要があるPOPPKから入るのではなく、Emaxモデルから入るのは上手いですね。
*3:Torstenという名前のサブモジュールが開発中のようです
