Google Cloud PlatformのRにRStanをインストールする
RStudio ServerをGoogle Computing Engineで動かす - yoshidk6’s blog に引き続き、VMインスタンスにRStanをインストールします。
以下の記事を参考にしてインストールを進めていきます。
Installing RStan on Mac or Linux · stan-dev/rstan Wiki · GitHub
Toolchain
build-essential, g++, libssl-dev をインストールします。
sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential g++ libssl-dev
Configuration
dpkg -s g++
でg++のバージョンが4.9以降であることを確認します。
RStudio serverにログインし、以下のコードを実行してMakevars
ファイルを作成します。
dotR <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R") if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR) M <- file.path(dotR, "Makevars") if (!file.exists(M)) file.create(M) cat("\nCXXFLAGS=-O3 -mtune=native -march=native -Wno-unused-variable -Wno-unused-function", file = M, sep = "\n", append = TRUE) # Run only if g++ version is 4.9 or higher cat("\nCXXFLAGS+=-flto -ffat-lto-objects -Wno-unused-local-typedefs", file = M, sep = "\n", append = TRUE)
Installing RStan
引き続きRStudio server上で以下のコードを実行し、RStanをインストールします。
install.packages("rstan", repos = "https://cloud.r-project.org/", dependencies=TRUE)
インストールに成功したら、Session -> Restart R でRを再起動します。
以下のコードを実行し、10
が返されることを確認すればRStanのインストールは完了です。
fx <- inline::cxxfunction( signature(x = "integer", y = "numeric" ) , ' return ScalarReal( INTEGER(x)[0] * REAL(y)[0] ) ; ' ) fx( 2L, 5 ) # should be 10