Pharmacometrics解析のためのRStanへのTorstenライブラリの導入

Metrum Research Groupが開発しているTorstenライブラリは、Stan上でPharmacometrics解析を行うための拡張ライブラリです。 BaseのStanパッケージに比べ、以下の拡張がなされています。 NONMEMフォーマットのデータセットの読み込みとイベントスケジュール(…

Stan & POPPK (4): Covariateの影響を考慮した解析

Stan & POPPK (3): 多変量正規分布を用いたパラメータ間の相関まで含めた解析 - yoshidk6’s blog の続きです。パラメータの個人間変動を生む要因を分析してモデルに組み込みます。 パラメータの個人間変動を生じる因子の探索 解析 Stanモデル Rコード 結果の…

Stan & POPPK (3): 多変量正規分布を用いたパラメータ間の相関まで含めた解析

Stan & POPPK (2): 階層モデルを用いた複数被験者の薬物動態解析 - yoshidk6’s blog の続きです。前回使用したモデルを拡張して、パラメータ間の相関も含めた解析を行います。 使用する仮想データ 解析 Stanモデル Rコード 結果の評価 使用する仮想データ 作…

O-1ビザ取得顛末記

自分がO-1ビザの申請をした時、研究者・科学者の申請に関する情報がインターネット上にほとんど無く難儀したので、備忘録的に体験談を書いておきます。*1 O-1を申請することになった経緯 外国人がアメリカの企業で働くには、就労可能なビザが必要になります。…

Metrum Research GroupによるSTANの入門コース

Metrum Research Groupから昨日、STANの入門コースの教材がアップロードされました*1。Metrumは、STANをPharmacometricsに適用するため積極的に開発に携わっています。今回公開されたものは、昨年度のPAGE/ACoP meetingで開催された Getting Started with Ba…

Stan & POPPK (2): 階層モデルを用いた複数被験者の薬物動態解析

http://yoshidk6.hatenablog.com/entry/2017/05/24/134934 の続きです。前回使用したモデルを拡張して、複数の被験者からのデータを解析します。解析は以下の手順で行っていきます。 使用する仮想データ 全被験者が同じPKパラメータを持つと仮定 Stanモデル …

Google Cloud PlatformのRにRStanをインストールする

RStudio ServerをGoogle Computing Engineで動かす - yoshidk6’s blog に引き続き、VMインスタンスにRStanをインストールします。 以下の記事を参考にしてインストールを進めていきます。 Installing RStan on Mac or Linux · stan-dev/rstan Wiki · GitHub …

RStudio ServerをGoogle Computing Engineで動かす

モチベーション 家で使っているコンピュータがMacbook Air 2011モデル(1.6GHz Core i5, メモリ2GB)と非常に貧弱で、Stanを動かすのに支障が出ている一方で、特段買いたいパソコンも見当たらないので、クラウドのサーバーを試してみることにしました。AWSにつ…

Stan & POPPK (1): 一被験者の薬物動態解析

StanでPopulation pharmacokinetic解析 - yoshidk6’s blog の続きです。 最初のステップとして、一被験者のデータを用いた解析を行います。 (2017/5/27 に、データ・コード含めて更新を行いました。) (2017/10/26 にコードの再更新を行いました。) 使用する…

StanでPopulation pharmacokinetic解析

簡単な薬物動態モデルを使ったPopulation pharmacokinetic (母集団薬物動態) 解析を、練習を兼ねてStanで実装してみました。 項目(予定) 一被験者の薬物動態解析 階層モデルによる複数被験者の薬物動態解析 推定パラメータ間の相関と多変量正規分布 パラメー…