2022.11.3追記 最近リリースされた nlmixr2 を使用すれば、Pythonをインストールすることなくpopulation pharmacokinetics解析を行うことができます。 Nonlinear Mixed Effects Models in Population PK/PD • nlmixr2 オープンソースの母集団薬物動態解析ソ…
gretaパッケージは、TensorFlow Probabilityを活用してHamiltonian Monte Carlo法による統計モデリングを行うRのパッケージです。 greta-stats.org StanやBUGSなどと違い、すべてR上でモデルの構築が出来るため、学習のハードルが低くなっているのが特徴です…
I recently released an R package on CRAN calledsurvParamSim for parametric survival simulation, and here want to describe a bit more on details & motivations behind developing this package. Parametric Survival Simulation with Parameter Unc…
最近これに従って(Step by step guide for creating a package that depends on RStan • rstantools)RStanを使用するRのパッケージを作っていたのですが、どうもdevtools::install()やdevtools::build(binary = TRUE)などコンパイルを要するステップに入ると…
map family functions of the purrr package are very useful for using non-vectorized functions in dplyr::mutate chain (see GitHub - jennybc/row-oriented-workflows: Row-oriented workflows in R with the tidyverse or https://www.jimhester.com/2…
Rのデータフレームの各行に対して処理を行いたいが、関数をベクトル化することが難しい場合*1には、下で簡単に書くようにmutateとmapを組み合わせると非常に便利です。しかし、map内で定義する関数の入力値が3つ以上になると話が少しややこしくなります。納…
Metrum Research Groupが開発しているTorstenライブラリは、Stan上でPharmacometrics解析を行うための拡張ライブラリです。 BaseのStanパッケージに比べ、以下の拡張がなされています。 NONMEMフォーマットのデータセットの読み込みとイベントスケジュール(…
Stan & POPPK (3): 多変量正規分布を用いたパラメータ間の相関まで含めた解析 - yoshidk6’s blog の続きです。パラメータの個人間変動を生む要因を分析してモデルに組み込みます。 パラメータの個人間変動を生じる因子の探索 解析 Stanモデル Rコード 結果の…
Stan & POPPK (2): 階層モデルを用いた複数被験者の薬物動態解析 - yoshidk6’s blog の続きです。前回使用したモデルを拡張して、パラメータ間の相関も含めた解析を行います。 使用する仮想データ 解析 Stanモデル Rコード 結果の評価 使用する仮想データ 作…
自分がO-1ビザの申請をした時、研究者・科学者の申請に関する情報がインターネット上にほとんど無く難儀したので、備忘録的に体験談を書いておきます。*1 O-1を申請することになった経緯 外国人がアメリカの企業で働くには、就労可能なビザが必要になります。…
Metrum Research Groupから昨日、STANの入門コースの教材がアップロードされました*1。Metrumは、STANをPharmacometricsに適用するため積極的に開発に携わっています。今回公開されたものは、昨年度のPAGE/ACoP meetingで開催された Getting Started with Ba…
http://yoshidk6.hatenablog.com/entry/2017/05/24/134934 の続きです。前回使用したモデルを拡張して、複数の被験者からのデータを解析します。解析は以下の手順で行っていきます。 使用する仮想データ 全被験者が同じPKパラメータを持つと仮定 Stanモデル …
RStudio ServerをGoogle Computing Engineで動かす - yoshidk6’s blog に引き続き、VMインスタンスにRStanをインストールします。 以下の記事を参考にしてインストールを進めていきます。 Installing RStan on Mac or Linux · stan-dev/rstan Wiki · GitHub …
モチベーション 家で使っているコンピュータがMacbook Air 2011モデル(1.6GHz Core i5, メモリ2GB)と非常に貧弱で、Stanを動かすのに支障が出ている一方で、特段買いたいパソコンも見当たらないので、クラウドのサーバーを試してみることにしました。AWSにつ…
StanでPopulation pharmacokinetic解析 - yoshidk6’s blog の続きです。 最初のステップとして、一被験者のデータを用いた解析を行います。 (2017/5/27 に、データ・コード含めて更新を行いました。) (2017/10/26 にコードの再更新を行いました。) 使用する…
簡単な薬物動態モデルを使ったPopulation pharmacokinetic (母集団薬物動態) 解析を、練習を兼ねてStanで実装してみました。 項目(予定) 一被験者の薬物動態解析 階層モデルによる複数被験者の薬物動態解析 推定パラメータ間の相関と多変量正規分布 パラメー…
